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ゲノム解読を基礎とする高等植物ミトコンドリアゲノムの包括的研究
http://hdl.handle.net/10965/00002958
http://hdl.handle.net/10965/000029586e604948-442f-4ba9-8be3-8d7a8c1f155c
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
KJ00009319739.pdf (270.6 kB)
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| Item type | [ELS]紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2018-01-28 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | ゲノム解読を基礎とする高等植物ミトコンドリアゲノムの包括的研究 | |||||
| 言語 | ja | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | ミトコンドリアゲノム | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 次世代シークエンサー | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Brassica maurorum | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | ダイコン | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 細胞質雄性不稔(CMS) | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||
| 雑誌書誌ID | ||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||
| 収録物識別子 | AA11879037 | |||||
| ページ属性 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | P | |||||
| 著者 |
寺地, 徹
× 寺地, 徹 |
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| 著者所属(日) | ||||||
| 値 | 京都産業大学総合生命科学部 | |||||
| 記事種別(日) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 研究ノート | |||||
| 記事種別(英) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | Research Note | |||||
| 抄録(日) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 本研究は，ダイコンとその近縁種，パンコムギとその近縁種という異なる2つの分類群の，それぞれ10種類程度のタイプの違う細胞質を対象に，ミトコンドリアゲノムの解読を進め，植物ミトコンドリアゲノムの構造と機能，ならびに変異と進化に関する包括的な研究を行い，このゲノムについての新しい概念を創出しようとするものである。そのため次世代シークエンサーを活用して，より多くの植物種のミトコンドリアゲノムを解読するとともに，バイオインフォマティクスの手法を積極的に取り入れ，全塩基配列ベースでゲノム構造の比較解析を行おうとする。今年度は，その第一歩として，ダイコンに雄性不稔を引き起こすことが知られているBrassica maurorumのmtDNAを次世代シークエンサーにより解読し，約66.9Mbの塩基配列情報を得た。得られた242個のコンティグの中から，ミトコンドリアゲノムに由来する32個のコンティグを選抜し，PCRとダイレクトシークエンシングにより，隣接すると思われるコンティグ間の接続を調べた。その結果，32個のコンティグすべての連続性が証明され，236,281bpからなるB.maurorum のマスターサークル分子が予想された。 | |||||
| 抄録(英) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | This project aims at giving a new idea on the structure, function, diversity and evolution of mitochondrial genome of higher plant, by comparing genome sequences among ten different types of mitochondrial genome from each of wheat and radish taxa. For this purpose, the next-generation sequencer will be efficiently used to obtain a large amount of sequence data, and bioinformatic approach will be adopted to compare whole mitochondrial genomes among the taxa. As the first step toward the project goal, we have obtained about 66.9Mb sequence data from mtDNA of Brassica maurorum whose cytoplasm is known to induce male-sterility to radish. The 32 contigs with mitochondrial sequence were selected from 242 contigs assembled. Connection between two neighboring contigs was examined by PCR amplification of an overlapping fragment and its direct sequencing, and a master circle molecule consisting of 236,281bp sequence was predicted for B.maurorum mitochondrial genome. | |||||
| 書誌情報 |
京都産業大学総合学術研究所所報 巻 9, p. 153-162, 発行日 2014-07 |
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| 表示順 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 11 | |||||
| アクセション番号 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | KJ00009319739 | |||||
| ISSN | ||||||
| 収録物識別子タイプ | PISSN | |||||
| 収録物識別子 | 1348-8465 | |||||
