WEKO3
アイテム
Rorippa aquatica遺伝子情報データベースの構築
http://hdl.handle.net/10965/00002926
http://hdl.handle.net/10965/00002926b3f54926-3de4-4e83-86fe-ea6c60af4a30
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
KJ00010262479.pdf (495.2 kB)
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| Item type | [ELS]紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2018-01-28 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | Rorippa aquatica遺伝子情報データベースの構築 | |||||
| 言語 | ja | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | Construction of a genomic and transcriptomic database for Rorippa aquatica | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Rorippa aquatica | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | de novo アセンブル | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | データベース | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | SQLite | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Perl/CGI | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Rorippa aquatica | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | de novo assembly | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | database | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | SQLite | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Perl/CGI | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||
| 雑誌書誌ID | ||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||
| 収録物識別子 | AA11879037 | |||||
| ページ属性 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | P | |||||
| 著者 |
坂本, 智昭
× 坂本, 智昭× 木村, 成介 |
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| 著者所属(日) | ||||||
| 値 | 京都産業大学総合生命科学部 | |||||
| 著者所属(日) | ||||||
| 値 | 京都産業大学総合生命科学部 | |||||
| 記事種別(日) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 研究論文 | |||||
| 記事種別(英) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | Papers | |||||
| 抄録(日) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | Rorippa aquaticaは環境に応答した葉形の変化やホルモンフリー条件下での葉断片からの植物体再生といった興味深い形質を示す植物である。しかしながら，本種のゲノムおよび遺伝子情報は整備されておらず，現在は次世代シーケンサーを用いた解析によってそれらの情報の取得が進行中である。現段階でも得られた遺伝子情報は膨大であり，その解析結果も多岐に渡っている。そこで本研究では取得した遺伝子情報およびその解析結果を遺伝子情報データベースとして統合するとともに，収集したデータを簡易に検索・閲覧することを可能にするインターフェイスの整備を試みた。 | |||||
| 抄録(英) | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | Rorippa aquatica shows several interesting traits, such as leaf formation in response to environmental conditions and regeneration from a piece of leaf in the absence of exogenous plant hormones. However, complete genome and transcript data for this species are not yet available and several ongoing analyses are underway to obtain these using next-generation sequencing. At this stage, the obtained datasets are quite large and the outputs are in different formats. In this study, we tried to construct a database to store and integrate data from various studies on R.aquatica. Furthermore, to improve the accessibility of these data, we have also developed a graphical user interface. |
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| 書誌情報 |
京都産業大学総合学術研究所所報 巻 11, p. 105-113, 発行日 2016-07 |
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| 表示順 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 7 | |||||
| アクセション番号 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | KJ00010262479 | |||||
| ISSN | ||||||
| 収録物識別子タイプ | PISSN | |||||
| 収録物識別子 | 1348-8465 | |||||
